Hải quân Cộng hòa Ezo được tổ chức xung quanh tàu chiến Kaiten. Hạm đội ban đầu gồm 8 tàu hơi nước: Kaiten, Banryū, Chiyodagata, Chōgei, Kaiyō Maru, Kanrin Maru, Mikaho và Shinsoku.

Tuy vậy Kaiyō Maru và Shinsoku đã bị chìm trong cuộc đụng độ trước đó ở trước Esashi, và Kanrin Maru đã bị quân đội triều đình bắt giữ sau khi bị thương nặng do thời tiết xấu. Việc mất đi hai tàu lớn làm suy yếu nghiêm trọng phe Cộng hòa Ezo.